邳州建置悠久。據(jù)史料記載，夏中康時(shí)，奚仲以邳為都，始建邳國(guó)。后商湯、周武均封奚仲后人于邳，為侯國(guó)。秦始皇二十六年（前221）置下邳縣，是下邳稱(chēng)縣之始。漢高祖曾封韓信為楚王，建都下邳，東漢明帝時(shí)（72）建下邳國(guó)。

   三國(guó)時(shí)魏置下邳郡。晉置下邳國(guó)，東晉改置下邳郡。南北朝時(shí)先后置下邳郡、東徐州、武州，北周靜帝大象元年（579），始建邳州，為下邳稱(chēng)邳州始。隋時(shí)置邳州，后改下邳郡。唐廢郡復(fù)置邳州，后改為下邳縣。宋置淮陽(yáng)軍，金復(fù)置邳州。元、明、清仍稱(chēng)邳州。

   中華民國(guó)元年（1912），廢州改置邳縣。民國(guó)23年（1934），故黃河以南地區(qū)劃歸睢寧縣。民國(guó)29年（1940），隴海鐵路以北部分建立抗日民主政權(quán)，仍稱(chēng)邳縣；鐵路以南建立邳南行署，民國(guó)31年（1942）改建邳南縣，民國(guó)33年（1944）改建邳睢縣；東部一帶屬邳縣國(guó)民政府占領(lǐng)區(qū)。

   1949年10月至1953年1月，邳縣屬山東省臨沂地區(qū)，邳睢縣屬淮陰行政區(qū)。1953年1月，撤銷(xiāo)邳睢縣建制，并入邳縣，古邳等部分地區(qū)劃歸睢寧縣；與山東省郯城縣、蘭陵縣調(diào)整邊境，恢復(fù)原制，歸屬江蘇省徐州地區(qū)。1992年7月，撤縣設(shè)立邳州市。1998年底，邳州市河溝鎮(zhèn)與新沂市炮車(chē)鎮(zhèn)置換，為今境況。歷史上，北宋以前境內(nèi)所置國(guó)、縣、郡、州、軍的治所均為下邳城，金至清康熙二十七年（1688）間邳州治所為古邳鎮(zhèn)（今睢寧縣古邳鎮(zhèn)），此后至1953年間邳州、邳縣治所為邳城（今邳城鎮(zhèn)），1954年以后邳縣、邳州市人民政府駐地為運(yùn)河鎮(zhèn).