在發(fā)酵物料的后處理方面，大多數(shù)企業(yè)加入功能菌進(jìn)行復(fù)配、定形，微生物菌有機(jī)肥生產(chǎn)，產(chǎn)品劑型以粉塵為主，微生物菌有機(jī)肥廠價(jià)直銷，但也有采用滾筒造?；驍D壓造粒的。顆粒產(chǎn)品克服了粉的劑產(chǎn)品外觀差、層次低的缺點(diǎn)，祿勸微生物菌有機(jī)肥，提高了產(chǎn)品的商品性，但同時(shí)也提高了企業(yè)的生產(chǎn)成本，并對(duì)有效菌的存活產(chǎn)生了一定影響。由于生物有機(jī)肥相比普通有機(jī)肥生產(chǎn)成本較高，主要應(yīng)用在蔬菜、水果、中草藥等高附加值的經(jīng)濟(jì)作物上，并取得了較好的效果。

生物有機(jī)肥是指特定功能微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。

    一、生物有機(jī)肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會(huì)造成土壤板結(jié)。

    二、生物有機(jī)肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。

    三、生物有機(jī)肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。

肥料是植物的糧食，施肥是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中保證作物高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)必不可少的重要手段。我國是世界上化肥生產(chǎn)和消費(fèi)的大國，化肥使用量很大，微生物菌有機(jī)肥招商，雖然在一定時(shí)間和一定程度上提高了作物的產(chǎn)量，但對(duì)土壤、水源、農(nóng)產(chǎn)品和環(huán)境造成的危害日益增加，如：土壤酸化、板結(jié)、營(yíng)養(yǎng)失衡、地下水污染、農(nóng)產(chǎn)品重金屬和消酸鹽含量超標(biāo)等，導(dǎo)致多種生態(tài)環(huán)境污染和人類疾病發(fā)生。由于重施、亂施化肥，不注重施用有機(jī)肥，造成土壤有機(jī)質(zhì)缺乏，導(dǎo)致土壤肥力下降，已成為影響我國農(nóng)業(yè)持續(xù)發(fā)展和農(nóng)作物穩(wěn)產(chǎn)、高產(chǎn)的重要限制因素。

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