1937年"八·一三"淞滬戰(zhàn)役爆發(fā)后，震旦大操場西北隅搭建難民收容所，收容難民2千多人，大禮堂開辦臨時傷兵醫(yī)院，收治傷員14l0人。還將新樓一部分供給交通大學。

1938年，被震旦大學選派赴法國巴黎大學牙醫(yī)學院進修3年并留比利時的牙醫(yī)系首屆校友沈國祚醫(yī)生回國主持牙醫(yī)系工作，1940-1951年任震旦大學醫(yī)學院牙醫(yī)系系主任兼廣慈醫(yī)院牙科主任，是牙醫(yī)系的實際創(chuàng)始人和當時震旦大學唯一的中國人擔任的系負責人。

1938年9月，震旦大學開始收錄女生，年15人;至1949年，有女生157人，其中天主教徒65人。

1945年3一8月，日侵占震旦西院大樓，直至戰(zhàn)敗投降。

1947年，增設(shè)文學院，由巴黎大學文字學博士、徐匯中學校長、中國神父張伯達兼任院長。1948年夏改稱文理學院，實際只設(shè)中國文學一系，當時聘請了上海學者任教，如鐘泰、施蟄存、朱雯、唐弢、周子美、王元化、賈植芳、程石泉、何滿子、錢鐘書、趙國材、黃樸等人。1948年，牙醫(yī)學系改稱牙醫(yī)學院。