定量指標：菌落總數(shù)（單位樣品中的細菌總數(shù)，如食品中≤1000CFU/g）、目標菌數(shù)量（如益生菌產(chǎn)品中活菌數(shù)≥10?CFU/g）、致病菌檢出限（如100g 樣品中是否檢出沙門氏菌，檢出限≤1CFU/100g）；

定性指標：細菌種類（如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、李斯特菌，通過生化反應或分子生物學方法鑒別）；

特性指標：細菌毒力（如是否產(chǎn)生毒素，如金黃色葡萄球菌腸毒素）、耐藥性（是否對常用抗生素耐藥，如 MRSA耐甲氧西林金黃色葡萄球菌）、生化特性（如發(fā)酵糖類的能力、酶活性）。

定量檢測：

平板計數(shù)法（涂布 / 傾注培養(yǎng)，計數(shù)菌落數(shù)）；

快速計數(shù)法（ATP 生物發(fā)光法、流式細胞術）；

定性檢測：

傳統(tǒng)方法（增菌培養(yǎng)→分離純化→生化鑒定→血清學鑒定）；

分子生物學方法（PCR、實時熒光 PCR，快速檢測致病菌基因）；

特性檢測：

毒力檢測（動物試驗、毒素 ELISA 檢測）；

耐藥性檢測（紙片擴散法、肉湯稀釋法）；

生化鑒定（API 試紙條、VITEK 全自動生化鑒定系統(tǒng)）。

食品安全：生肉、乳制品、盒飯的致病菌檢測（如沙門氏菌、李斯特菌），防止食源性疾??；

醫(yī)藥衛(wèi)生：藥品（如注射劑）的無菌檢查（不得檢出任何活細菌）、醫(yī)院環(huán)境的細菌污染監(jiān)測（如手術室空氣菌落總數(shù)≤10CFU/m3）；

環(huán)境保護：污水、土壤的細菌總數(shù)及致病菌（如大腸桿菌）檢測，評估污染程度；

農(nóng)業(yè)領域：飼料的細菌污染檢測（如霉變飼料中的蠟樣芽孢桿菌）、益生菌肥料的活菌數(shù)檢測；

臨床診斷：患者血液、痰液、糞便的細菌培養(yǎng)與鑒定，指導抗生素用藥（如細菌性肺炎的病原菌檢測）。