上海新設二類醫(yī)療器械經(jīng)營備案的流程和需要提交的材料目錄如下：
1. 確定經(jīng)營范圍并完成企業(yè)注冊，確保能夠正常經(jīng)營。
2. 準備相關材料：
* 營業(yè)執(zhí)照復印件。
* 法定代表人或者負責人身份證明。
* 經(jīng)營場所使用證明以及地理位置圖和經(jīng)營設施、設備布局圖。
3. 在上海市市場監(jiān)督管理局網(wǎng)站上進行企業(yè)備案登記，并打印相應的《第二類醫(yī)療器械經(jīng)營企業(yè)備案表》。
4. 將相關材料加蓋企業(yè)公章并遞交至上海市市場監(jiān)督管理局，遞交材料如下：
* 加蓋企業(yè)公章的《第二類醫(yī)療器械經(jīng)營企業(yè)備案表》。
* 加蓋企業(yè)公章的《營業(yè)執(zhí)照》復印件。
* 加蓋企業(yè)公章的經(jīng)營設施、設備布局圖以及使用說明書。
5. 等待審核結(jié)果，如果需要補充材料，會通知補正，補正后一般在五個工作日內(nèi)可以拿到備案憑證。

以上信息僅供參考，可以到上海市市場監(jiān)督管理局官網(wǎng)查詢具體流程和所需材料。