第一：產(chǎn)權(quán)關(guān)系不同。特許經(jīng)營是獨(dú)立主體之間的合同關(guān)系，各個特許加盟店的資本是相互獨(dú)立的，與總部之間沒有資產(chǎn)紐帶；而直營連鎖各店鋪都屬于同一資本所有，各個店鋪由總部所有并直接運(yùn)營、集中管理。

第二：法律關(guān)系不同。特許經(jīng)營中特許人（總部）和被特許人（加盟店）之間的關(guān)系是合同關(guān)系，雙方通過訂立特許經(jīng)營合同建立起關(guān)系，并通過合同明確各自的權(quán)利和義務(wù)。而直營連鎖中總部與分店之間的關(guān)系則由內(nèi)部管理制度進(jìn)行調(diào)整。

第三：管理模式不同。特許經(jīng)營的核心是特許經(jīng)營權(quán)的轉(zhuǎn)讓，特許人（總部）是轉(zhuǎn)讓方，被特許人（加盟店）是接受方，特許經(jīng)營體系是通過特許人與被特許人簽訂特許經(jīng)營合同形成的。各個加盟店的人事和財務(wù)關(guān)系相互獨(dú)立，特許人無權(quán)進(jìn)行干涉。而在直營連鎖中，總部對各分店擁有所有權(quán)，對分店經(jīng)營中的各項具體事務(wù)均有決定權(quán)，分店負(fù)責(zé)人作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。