兩者區(qū)別如下：

一、兩者本質(zhì)不同

去離子水是指除去了呈離子形式雜質(zhì)后的純水，應(yīng)用離子交換樹脂去除水中的陰離子和陽離子，但水中仍然存在可溶性的有機物?？梢晕廴倦x子交換柱從而降低其功效，去離子水存放后也容易引起細(xì)菌的繁殖。

蒸餾水是指經(jīng)過蒸餾、冷凝操作的水，蒸二次的叫重蒸水，三次的叫三蒸水。低耗氧量的水，加入高錳酸鉀與酸工業(yè)蒸餾水是采用蒸餾水方法取得。同時，常飲蒸餾水就等于放棄了從水中獲得人體所需的微量元素的5%的來源。

二、兩者工藝特性不同

去離子水是通過離子交換樹脂除去水中的離子態(tài)雜質(zhì)而得到的近于純凈的水，其生產(chǎn)裝置設(shè)計的合理與否直接關(guān)系到去離子水質(zhì)量的好壞及運營的經(jīng)濟性。去離子相對環(huán)保，自動化程度高，初期投入大，價格相對比較貴。

蒸餾水的制作是把源水煮沸后令其蒸發(fā)冷凝回收，要大量耗費熱能，造價不會太低，用于制作蒸餾水的源水中的其它遇熱蒸發(fā)物質(zhì)，也就隨著蒸餾水的生成而冷凝到蒸餾水中。如對健康有害的酚類、苯化合物，甚至可蒸發(fā)的汞等。